昔日的英雄失踪后，一艘神秘的黑舰出现，其舰长竟自称是已被消灭的“王子”的后裔。
木连战役结束十年后，星际航行进入短暂和平。抚子号的旧成员各奔东西，只有琉璃仍在追踪着消失的明人留下的痕迹。此时，一艘涂装漆黑、性能远超现有技术的机动战舰开始袭击地球圈的运输舰队，其舰长自称“暗黑王子”，声称要继承被天河明人击败的“王子”的遗志。更令人震惊的是，他的旗舰上搭载了疑似明人驾驶过的艾斯特巴利斯的魔改机型。琉璃奉命率领新抚子号进行调查，却发现自己面对的不仅是疯狂的复仇者，还有一个关于基因复制与记忆移植的惊天阴谋。
作为经典IP的续作，本片在保留原作风味的同时，大胆引入了更成人化的政治阴谋与悲剧宿命。战斗作画流畅炸裂，对“英雄”与“恶魔”的二元对立提出了有力质疑，结尾的留白让老粉丝们久久无法平静。
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