四月一日君寻继续在愿望与代价的夹缝中经营店铺，而壹原侑子消失的真正秘密，将在本季揭晓。
第二季紧接第一季结尾，侑子小姐在烟雾中消失，只留下四月一日和摩可拿。四月一日继承了店铺，成为新一任店主，但他不愿接受侑子消失的事实。他开始穿梭于一个个委托人之间，为他们实现愿望，同时收取代价。但他的代价变得愈发诡异：他目睹了平行世界中的自己，看见了时间的尽头，甚至开始失去对“现实”的感知。本季揭示了“时间停滞”的真相：侑子为了等待一个人，将自己的时间停止，而四月一日就是她等待的那个人。当四月一日终于明白，他必须用自己的“存在”作为代价，才能换回侑子的一次短暂重逢。在最后，他选择了坦然接受，在时间的缝隙中，与侑子喝下了最后一杯酒。
这是一部需要带着哲学头脑去看的动画。意境之美超越了大多数灵异题材作品。第二季不再侧重于灵异事件的猎奇，而是深入到对时间、存在和思念的探讨。每一集都像一首忧郁的诗，情绪铺垫极其到位。当侑子与四月一日最终重逢时，那种跨越时间的情感足以让任何观众泪崩。
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